Kota Yogyakarta terletak antara 110°24'19"-110°28'53" Bujur Timur dan antara 07°15'24"-07°49'26" Lintang Selatan. Terdapat tiga sungai yang mengalir dari arah Utara ke Selatan yaitu: Sungai Gajahwong yang mengalir di bagian timur kota, Sungai Codedi Bagian tengah dan Sungai Winongo di bagian barat kota.

      Kota Yogyakarta memiliki luas sekitar 32,5 Km2 atau 1,02% dari luas wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Jarak terjauh dari Utara ke Selatan kurang lebih 7,5 Km dan dari Barat ke Timur kurang lebih 5,6 Km. Kota Yogyakarta yang terletak di daerah dataran lereng aliran Gunung Merapi memiliki kemiringan lahan yang relatif datar antara 0 - 2% dan berada pada ketinggian rata-rata 114 meter dari permukaan air laut (dpa). 

      Sebagian wilayah dengan luas 1.657 hektar terletak pada ketinggian kurang dari 100 meter dan sisanya pada ketinggian antara 100–199 meter dpa.  Sebagian besar jenis tanahnya adalah regosol. Secara administratif Kota Yogyakarta terdiri dari 14 kecamatan dan 45 kelurahan dengan batas wilayah sebagai berikut:

Sebelah Utara     :  Kabupaten Sleman

Sebelah Timur    :  Kabupaten Bantul  dan Sleman

Sebelah Selatan :  Kabupaten Bantul

Sebelah Barat     :  Kabupaten Bantul

 

Kecamatan	Luas (km2)	Presentase
Mantrijeron	2.61	8.03
Keraton	1.40	4.31
Mergangsan	2.31	7.11
Umbulharjo	8.12	24.98
Kotagede	3.07	9.45
Gondokusumo	3.99	12.28
Danurejan	1.10	3.38
Pakualaman	0.63	1.94
Gondomanan	1.12	3.45
Ngampilan	0.82	2.52
Wirobrajan	1.7	5.42
Gedongtengen	0.96	2.95
Jetis	1.70	5.23
Tegalrejo	2.91	8.95
Jumlah	32.50	100.00

Kecamatan Ketinggian/Altitude (Meter)    Jumlah              <  100 100 - 199 >  200

Mantrijeron 261 0 0 261 Kraton 140 0 0 140 Mergangsan 202 29 0 231 Umbulharjo 607 206 0 813 Kotagede 302 5 0 307 Gondokusuman 0 399 0 399 Danurejan 0 110 0 110 Pakualaman 0 63 0 63 Gondomanan 42 70 0 112 Ngampilan 31 51 0 82 Wirobrajan 72 103 0 175 Gedongtengen 0 96 0 96 Jetis 0 170 0 170 Tegalrejo 0 291 0 291 Jumlah 1 657 1 593 0 3 250

---

      Secara umum, rata-rata curah hujan tertinggi di Kota Yogyakarta selama tahun 2017 terjadi pada bulan November, yaitu sebanyak 692.50 mm³. Kelembaban udara rata-rata cukup tinggi, terendah terjadi pada bulan Agustus sebesar 81 persen. Tahun 2017 rata-rata tekanan udara sebesar 995.66 mb dan suhu udara rata-rata 26,05^oC.