Kota Yogyakarta terletak antara 110°24'19"-110°28'53" Bujur Timur dan antara 07°15'24"-07°49'26" Lintang Selatan. Terdapat tiga sungai yang mengalir dari arah Utara ke Selatan yaitu: Sungai Gajahwong yang mengalir di bagian timur kota, Sungai Codedi Bagian tengah dan Sungai Winongo di bagian barat kota.

      Kota Yogyakarta memiliki luas sekitar 32,5 Km2 atau 1,02% dari luas wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Jarak terjauh dari Utara ke Selatan kurang lebih 7,5 Km dan dari Barat ke Timur kurang lebih 5,6 Km. Kota Yogyakarta yang terletak di daerah dataran lereng aliran Gunung Merapi memiliki kemiringan lahan yang relatif datar antara 0 - 2% dan berada pada ketinggian rata-rata 114 meter dari permukaan air laut (dpa). 

      Sebagian wilayah dengan luas 1.657 hektar terletak pada ketinggian kurang dari 100 meter dan sisanya pada ketinggian antara 100–199 meter dpa.  Sebagian besar jenis tanahnya adalah regosol. Secara administratif Kota Yogyakarta terdiri dari 14 kecamatan dan 45 kelurahan dengan batas wilayah sebagai berikut:

Sebelah Utara     :  Kabupaten Sleman

Sebelah Timur    :  Kabupaten Bantul  dan Sleman

Sebelah Selatan :  Kabupaten Bantul

Sebelah Barat     :  Kabupaten Bantul

 

Kecamatan	Luas (km2)	Presentase
Mantrijeron	2.61	8.03
Keraton	1.40	4.31
Mergangsan	2.31	7.11
Umbulharjo	8.13	25.02
Kotagede	3.07	9.45
Gondokusumo	3.99	12.28
Danurejan	1.10	3.38
Pakualaman	0.63	1.94
Gondomanan	1.12	3.45
Ngampilan	0.82	2.52
Wirobrajan	1.75	5.38
Gedongtengen	0.96	2.95
Jetis	1.70	5.23
Tegalrejo	2.91	8.95
Jumlah	32.50	100.00

Kecamatan	Ketinggian			Jumlah
	<100 m	100 – 199 m	>100 m
Mantrijeron	261	0	0	261
Keraton	140	0	0	140
Mergangsan	202	29	0	231
Umbulharjo	607	206	0	813
Kotagede	302	5	0	307
Gondokusumo	0	399	0	399
Danurejan	0	110	0	110
Pakualaman	0	63	0	63
Gondomanan	42	70	0	112
Ngampilan	31	51	0	82
Wirobrajan	72	103	0	175
Gedongtengen	0	96	0	96
Jetis	0	170	0	170
Tegalrejo	0	291	0	291
Jumlah	1657	1593	0	3250

      Secara umum, rata-rata curah hujan tertinggi di Kota Yogyakarta selama tahun 2016 terjadi pada bulan November, yaitu sebanyak 508,20 mm³. Kelembaban udara rata-rata cukup tinggi, terendah terjadi pada bulan Agustus sebesar 84 persen. Tahun 2016 rata-rata tekanan udara sebesar 1013,975 mb dan suhu udara rata-rata 26,71^oC.